Le cheval Morgan est originaire des États-unis, principalement de l'état du Vermont. Le fait que le Vermont soit l'État Américain qui voisine le Québec explique pour bien des gens, les similarité qui caractérisent les races Morgan et Canadienne, intégré au début à une famille de trotteurs, il s'en sépara bientôt pour constituer une race.
L'ancêtre de cette race, l'étalon Justin Morgan, naquit à Springfield, Massachusetts, en 1789. On le transporta ensuite dans l'état du Vermont, où il mourut à l'âge de 32 ans. Ce sujet, remarquablement racé, possédait à la fois la conformation d'un beau cheval de parade et d'un bon trotteur. Il mesurait 1,45m pesait 425 kilos. A l'époque, la race Morgan servait de cheval de selle, de voiture et de trait léger.
Dans le but de conserver le type de cette race, le gouvernement américain maintient un haras sous la direction du Département de l'industrie animale de l'Université du Vermont. On y travaille à l'amélioration des chevaux Morgan par un élevage scientifique basé sur des critères de sélection éprouvés.